القصة تتحدث حول فريق من المرتزقة القراصنة المعروفين باسم بلاك لاغون، يقومون بتهريب البضائع في بحار جنوب شرق آسيا وما حولها في أوائل التسعينيات. تقع قاعدة عملياتهم في مدينة رونابور الساحلية الخيالية في جنوب شرق تايلاند بالقرب من الحدود مع كمبوديا. الجزيرة هي موطن للمافيا، والمرتزقة، واللصوص، والقتلة، والمسلحين.
